食品学院成立于2001年5月，其前身是1986年成立的食品工程系，2011年获批食品科学与工程一级学科硕士点，2018年获批食品科学与工程一级学科博士点，设有食品科学与工程、食品质量与安全、粮食工程、包装工程、食品营养与健康五个本科专业，2019年获批国家一流专业建设点，2020年专业获批粮食工程省级一流专业建设点，2021年获批食品质量与安全省级一流专业建设点、北大荒农产品加工现代产业学院（教育部首批），2023年食品科学与工程专业通过工程教育专业认证，同年获批食品科学与工程博士后流动站。
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